百日咳是由百日咳杆菌(Bordetella pertussis)引起的高度传染性急性呼吸系统疾病。在疫苗问世之前，该病主要发生于10岁以下儿童，通常表现为长期咳嗽伴1种或多种典型症状：吸入性哮声、阵发性咳嗽和咳嗽后呕吐。
自1940年代末开始应用百日咳疫苗，报道的百日咳感染流行病学发生了改变。在1990年代的美国，超过一半的病例发生于青少年和成人。感染的青少年和成人是婴儿和儿童发生感染的宿主，而婴儿和儿童可能出现严重并发症和死亡。在青少年和成人中，百日咳的症状和体征往往不具特异性。65岁以上的百日咳患者比其他年龄段成人更可能因百日咳而住院(占感染者的14.8%)或死亡(占全部百日咳相关死亡的4.8%)。
潜伏期和疾病过程—暴露后的潜伏期通常为7-10日，但也可能为3周或更长。该潜伏期远远长于普通的上呼吸道感染，如普通感冒(1-3日)。
许多百日咳杆菌感染没有症状，在之前未免疫的个体中，有症状的百日咳杆菌感染特征性分为3个阶段：
卡他期—卡他期是疾病最早的阶段，持续1-2周，表现为非特异性症状，包括全身不适、鼻溢和轻度咳嗽，可能出现轻度体温升高，但高热并不常见。提示百日咳的两种早期临床表现为过度流泪和结膜充血。在此阶段进行诊断性试验最准确，但由于临床表现不具特异性，很少会怀疑百日咳。
痉咳期—痉咳期在疾病的第2周开始，标志性症状为阵发性咳嗽，即一次呼气过程中出现一连串严重剧烈咳嗽。痉咳常为快速而连续地咳嗽，可令患者(成人和儿童)和照料者相当痛苦。长时间痉咳后，剧烈吸气会导致一种特殊的“吼”声，这常见于患病婴幼儿，因为其气管口径相对较小，但也可见于成人。痉咳期也可能出现咳嗽后晕厥或呕吐。
昼夜都可出现咳嗽，打哈欠、伸懒腰、大笑、大喊或运动等动作都可能引发咳嗽。咳嗽可能在夜间加重，可由吸入水蒸气、薄雾或其他呼吸道刺激物触发。在两次痉咳间期，患者通常感觉其他方面良好且症状很少。若不治疗，痉咳期一般持续2-3个月，随后逐渐过渡至恢复期。
恢复期—恢复期的特点为咳嗽频率和严重程度逐渐降低。通常持续1-2周，但也可能很久。
青少年和成人—百日咳在青少年和成人中的临床表现往往没有在婴儿和儿童中严重。既往感染或免疫接种可能会减轻病情，但两者都不能产生终生免疫。因此，长期咳嗽可能为青少年和成人的唯一症状。典型表现包括吸入性哮声、阵发性咳嗽、咳嗽后呕吐或晕厥，根据有无这些表现确定青少年和成人长期咳嗽是否为百日咳的作用很小。
系统评价显示，存在吸入性哮声或咳嗽后呕吐增加了百日咳的可能性，而没有阵发性咳嗽会降低该可能性。其他症状包括咳痰、鼻卡他、出汗和咽痛。
一些研究表明，青少年和成人长期咳嗽疾病中有相当一部分为百日咳。在急性咳嗽性疾病(即28日)成人中，百日咳杆菌感染率为3%，就诊时咳嗽病程较长(即2周)则更可能为百日咳。
百日咳的并发症可能与感染本身有关(如，肺炎和中耳炎)，也可能与剧烈咳嗽的机械性后遗症有关(如，结膜下出血、腹壁疝形成或加重、肋骨骨折、尿失禁或腰扭伤)。剧烈咳嗽偶尔可引起更严重的问题，包括颅内出血、颈动脉或椎动脉夹层引起的脑卒中、脑病或癫痫发作(推测由缺氧所致)。
一般而言，百日咳最常在婴幼儿中引起并发症和死亡。长期咳嗽可能导致青少年和成人长时间无法上学或工作，以及社会隔离、睡眠剥夺或对未确诊的病情产生焦虑。哮喘和吸烟可加重感染。成人住院的风险随年龄增加，在65岁以上人群中最高。住院的百日咳青少年和成人有很大一部分存在基础哮喘或慢性阻塞性肺疾病，住院常常是由于这些疾病急性加重。
诊断青少年和成人的百日咳需要对该病有高度警惕。早期诊断很重要，因为可预防感染传播，尤其是在易患人群中传播，如婴幼儿、未接受加强免疫接种的成人和免疫功能低下者。此外，早期给予抗生素治疗有可能缩短症状持续时间。鉴于百日咳的症状多变且无特异性，多数患者需要微生物学检查来确诊。
诊断方法—美国CDC和WHO提倡采用以下百日咳的临床病例定义：咳嗽持续至少2周，无明显病因，且存在阵发性咳嗽、吸入性哮声或咳嗽后呕吐。
●对于咳嗽2周但临床考虑为百日咳的患者，应进行针对百日咳杆菌的培养和PCR。在疾病最初2周，培养的敏感性最高。
●对于咳嗽2-4周的患者，应进行培养和PCR。咳嗽2周后，培养的敏感性下降，但PCR可检测到无活性微生物，因此在咳嗽后长达4周仍有用。由于单用PCR作为诊断性检查的准确度还需进一步研究，应联用培养和PCR。血清学检查一旦得到标准化并普及，则可在这种情况下用作培养的有效替代检查。
样本采集—必须通过拭子或抽吸从百日咳杆菌定植的后侧鼻咽部(而非前侧鼻孔或咽部)的有纤毛呼吸道上皮采集样本。应尽可能获得鼻咽拭子或抽吸物。不应使用棉头拭子或人造丝拭子获取培养样本，因为该类拭子含有对百日咳杆菌有毒性的脂肪酸类。
实验室工具—诊断百日咳杆菌感染、进行公共卫生监测和疫情暴发调查都需要经微生物学确认。细菌培养和PCR是最有用的微生物学工具，美国CDC推荐联用这两种方法进行诊断。
●传播–百日咳具有高度传染性，潜伏期通常约为1周，但也可能达3周或更久。
●百日咳的分期–未免疫者感染百日咳的特征为3个阶段：卡他期、痉咳期和恢复期。
●疾病过程–有既往感染史或疫苗诱导免疫的青少年或成人常常不会出现典型的百日咳临床表现，可能仅有长期咳嗽。部分感染者没有症状。
●临床病例定义–WHO和美国CDC提倡使用以下百日咳的临床病例定义：不明原因咳嗽持续至少2周，且存在下列一种临床表现：
在百日咳暴发或已知与百日咳确诊病例有密切接触的情况下，即使没有其他症状，咳嗽持续≥2周也足以做出临床诊断。
●诊断方法–诊断性检查(培养、PCR和血清学检查)的选择一定程度上取决于咳嗽持续时间
•针对百日咳杆菌的培养和PCR适用于咳嗽≤4周的患者，在疾病最初2周进行培养的敏感性最高。
•对于咳嗽4周的患者，仅血清学检查有用，但由于没有广泛普及的标准化检查，其使用受限。
●确诊–若患者发生急性咳嗽性疾病(无论持续多久)且培养或PCR显示百日咳杆菌阳性，则可确诊百日咳。
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